虽然PEMFC是未来最有前途的汽车动力源，但是目前在许多领域的关键技术尚未完全突破。例如，(1)研究人员还未找到可以完全替代稀有贵金属－铂的催化剂；(2)质子交换膜和极板由于技术不成熟尚未大批量工业化生产；(3)电堆的热管理系统尚处于实验室阶段；(4)氢燃料的制备、存储和运输的基础设施投资巨大，关键技术和成本等方面还存在各种需要攻克的难关；(5)成本高依然是目前制约PEMFC发展和应用的最大障碍。因此，燃料电池汽车在短期内尚难于实现产业化的目标。