2005年下半年，中国燃料电池公共汽车商业化示范项目二期正式向全球环境基金提交申请。经过联合国开发计划署中国办事处、亚太区，中国科技部，国内外专家和国家项目办的不懈努力，项目二期近期得到了全球环境基金的批准。目前，国家项目办正在为二期启动做好前期准备工作。
　　项目二期主要任务是为上海采购到更新一代的燃料电池公共汽车和建设加氢站，并开始示范运行；同时继续示范运行北京燃料电池公共汽车。 在上海、北京两个气候、地形、交通情况等都不相同城市开展示范运行，可以比较、分析采用不同技术的燃料电池公共汽车和不同制氢方式的加氢站的性能和技术问题，有利于促进我国燃料电池技术的进一步发展。